آزمایشگاه بیولوژی مولکولی به عنوان آزمایشگاه مولکولی مرکزی دانشگاه اردکان با هدف ارائه خدمات مولکولی به طرح‌های پژوهشی و کلاس‌های آموزشی آغاز به فعالیت کرده است. در این آزمایشگاه متاسیون و جهش، ساختارشناسی DNA، بررسی بیان ژن‌ها به صورت کمی و کیفی، بررسی بیان ژن‌های هدف آن‌ها، بررسی پلی مورفیسم‌های ژنی، تعیین جنسیت جنین‌های دامی با کمک تکنیک PCR ، اشاره کرد.